🧬 CELLVERSE ULTRA 7.5

🆕 Что нового в v7.5

• ЭПР переработан — две связанные системы в одной полости:
  • Шероховатый ЭПР (RER) — объёмные лепестки-цистерны прямо у поверхности ядра, с лопастным сечением (не плоские ленты, а трёхмерные «клетки лабиринта»).
  • Гладкий ЭПР (SER) — древовидная ветвящаяся сеть тубул, стартующая ОТ поверхности RER. Фрактальное утончение по ветвям, рандомизированный wobble, до 140 главных тубул в beautiful + подветви.
  • Перемычки — до 40 мостиков между лепестками RER создают визуально единую полость-лабиринт (как радиальный лабиринт с проходами).
• Аморфное ядро — бобовидная форма с лопастями (не идеальная сфера), surfaceR учитывается при росте ЭПР от поверхности.
• Прозрачность исправлена — chain prevOnBeforeCompile в _installERBreath, Fresnel-инжекция от cellShaderEngine больше не теряется. Белки мембраны корректно просвечивают через ядро/лизосомы/ЭПР.
• Рибосомы строго на rough RER — фильтрация по userData.erSubType и noRibosomes в traverse.
• FPS оптимизация — merged geometry для ЭПР (2 mesh'а вместо 30), сегменты тубул уменьшены, перемычки толще тубул для визуальной читаемости.

🌌 Что это за проект

• CELLVERSE v7.5 — интерактивная 3D-симуляция клетки в реальном времени: слои органелл, цитоскелет, молекулы, мембраны и транспорт.
• Цель — «биологически правдоподобная» визуализация + управление масштабом: от обзорной сцены до детального изучения выбранных структур.
• Принцип — ты управляешь видимостью слоёв, количеством объектов (в пределах производительности), визуальными режимами и параметрами среды.

🎮 Управление камерой и горячие клавиши

• ЛКМ + движение — вращение камеры
• ПКМ + движение — панорамирование
• Колёсико — приближение/отдаление
• Клик на объект — выделение (при включённых подсказках)
• ESC — сбросить выделение
• Пробел — пауза/продолжить анимацию
• F — перейти в полный экран

🧭 Основные элементы интерфейса (кнопки сверху)

• 💡 Подсказки — включает/выключает наведение и выбор объектов (tooltip + карточка структуры).
• UI — скрыть/показать панели (удобно для чистого просмотра).
• ⛶ — полный экран.
• ⏸️ / ▶️ — пауза анимации (идеально для изучения деталей).
• 🧹 Очистить кэш — сброс локальных сохранений и принудительная перезагрузка данных.
• 🔧 Настройки — графика и параметры среды (температура/вязкость и т.п.).
• ❓ — открыть это окно помощи.
• 🔄 Перестроить — пересоздать сцену с текущими настройками (быстро применить изменения разом).

🎭 Режимы визуализации (Mode)

• Красивый — «витринный» режим: максимально выразительные материалы/свет/эффекты, удобно для созерцания и скриншотов.
• Реалистичный — биологически спокойная картинка: мягкие материалы, корректная «мутность» сред, читаемость структуры.
• Инженерный — «диагностический» режим: максимальная читаемость всех объектов, минимум художественных эффектов, лучший FPS.

🧬 Слои (Layers): включение/выключение структур

• Слои — это переключатели видимости групп объектов. Каждый объект относится к слою (например: mitochondria, er, golgi, microtubules и т.д.).
• Быстрые кнопки (рядом со слоями):
  • Показать всё — включить все слои.
  • Скрыть всё — выключить все слои.
  • Ядро — быстрый набор: ядро + ядрышко + хроматин + ДНК + мРНК + тРНК.
  • Цитоскелет — быстрый набор: микротрубочки + актин + кинезин + динеин + везикулы.
  • Мембрана — быстрый набор: мембрана + насосы + каналы + ионы.

🧩 Полный список структур (что именно ты видишь)

• 🫧 Мембрана и поверхность:
  • Клеточная мембрана — оболочка клетки с настраиваемой прозрачностью.
  • Рецепторы — мембранные белки распознавания/сигналинга.
  • Насосы — активный транспорт (работают как отдельный слой).
  • Каналы — пассивный транспорт (отдельный слой).
  • Ионы — ионные частицы (например Na⁺/K⁺) как отдельный слой.
• 🧠 Ядро (включая кариолемму):
  • Ядро / кариолемма — ядерная оболочка (визуально читается как «мембрана ядра»).
  • Ядрышко — плотная структура внутри ядра.
  • Хроматин — распределённый материал упаковки ДНК (визуально как «облака/нити» внутри ядра).
  • ДНК — отдельная визуализация цепей/фрагментов для акцента на генетическом материале.
• 🏭 Органеллы:
  • Митохондрии — двойная мембрана + внутренние структуры (кристы) в зависимости от режима.
  • ЭПР (ER) — переработан в v7.5: шероховатый RER (объёмные лепестки у ядра с рибосомами) + гладкий SER (древовидная сеть тубул) + перемычки в одну полость-лабиринт. Стартует от деформированной поверхности ядра.
  • Аппарат Гольджи — цистерны/пакеты, рядом — везикулярный транспорт.
  • Лизосомы — пузырьки переработки/утилизации.
  • Пероксисомы — пузырьки окислительных процессов/детокса.
  • Центриоли — клеточный «организатор» микротрубочек (виден отдельной структурой).
• 🕸️ Цитоскелет и транспорт:
  • Микротрубочки — рельсы внутриклеточного транспорта.
  • Актин — сеть/волокна структуры, поддержка формы и динамики.
  • Кинезин — моторный белок ходьбы по микротрубочкам (анимация шага).
  • Динеин — моторный белок (анимация/движение по рельсам).
  • Везикулы — пузырьки транспорта (связывают мембрану/Гольджи/ЭПР/внутренние маршруты).
• 🧪 Молекулы и РНК:
  • мРНК — нити матричной РНК (могут быть распределены по клетке).
  • тРНК — отдельные молекулы транспорта аминокислот (слой для плотности «живой химии»).
  • Рибосомы — несколько типов отображения:
    • На мРНК — трансляция на нитях.
    • Свободные — отдельный пул рибосом в цитозоле.
    • На ЭПР — рибосомы шероховатого ЭПР.
  • ATP — энергетические молекулы как отдельный слой.

🔢 Количества, масштаб и биологические соотношения

• Detail (%) — общий «уровень плотности/детализации» сцены (влияет на количество/сложность построения).
• Count mode — режим количества:
  • Scaled — «симуляционный» режим: разумные количества для FPS.
  • Realistic — привязка к реальным оценкам, но с управляемым масштабированием.
• Extreme multiplier — множитель для «Realistic» режима (позволяет приближаться к реальным порядкам величин без убийства производительности).
• Proportional mode — сохраняет пропорции: меняешь одну сущность — остальные подтягиваются по соотношениям автоматически.
• Ratio (1:N) — быстрый «глобальный» регулятор пропорций (и кнопки применения/сброса).
• Слайдеры количеств — ручная настройка по ключевым сущностям:
  • Рибосомы, Митохондрии, Актин, ATP
  • Ионы Na⁺, Ионы K⁺
  • Кинезин, Динеин
  • Насосы, Каналы
• Speed (x) — скорость анимации процессов (общий множитель).
• Membrane opacity (%) — прозрачность мембраны для удобного просмотра внутренних структур.
• Scale (x) — масштаб всей сцены (визуальное приближение/отдаление модели клетки как объекта).
• Realtime update — если включено, перестройка сцены происходит сразу при изменениях (если выключено — удобно «накрутить» и применить одним нажатием перестройки).

🧠 Подсказки, выделение объектов и карточка структуры

• Подсказки (💡) включены — при наведении появляется tooltip с названием и краткими фактами.
• Клик по объекту — открывает панель выделения с расширенным описанием.
• Кнопки в панели выделения:
  • Фокус — камера аккуратно наводится на выбранный объект.
  • Скрыть слой объекта — выключает слой, к которому относится выбранная структура (быстрый «убрать мешающее»).
  • Закрыть — снять выделение.
• ESC — мгновенно снимает выделение.

🧩 Пресеты и конфигурации (сцены/настроек)

• Пресеты сцены — хранятся на сервере:
  • Выберите пресет → Загрузить — применить сохранённый набор режимов/слоёв/количеств.
  • Имя пресета → Сохранить — записать текущую сцену как пресет.
  • Удалить — удалить выбранный пресет.
  • Тест пресетов — прогон доступности всех пресетов (полезно, когда их много).
• Экспорт конфигурации — сохранить текущие параметры в JSON-файл.
• Импорт конфигурации — загрузить JSON-файл и восстановить состояние сцены.
• Пресеты настроек — сохраняются локально (через окно настроек), чтобы быстро возвращаться к любимым параметрам графики/среды.

⚙️ Настройки (графика + среда)

• Графика:
  • Bloom — свечение (особенно эффектно в красивом режиме).
  • Shadows — тени (объём и глубина сцены).
  • Shadow quality — качество теней (low/medium/high в зависимости от интерфейса).
  • Bloom strength — сила свечения.
  • Exposure — экспозиция/яркость тонмаппинга.
  • Render scale — внутренний масштаб рендера (главный рычаг FPS/чёткости).
  • Texture quality — качество текстур (если включено/поддерживается текущей сборкой интерфейса).
• Среда (физика):
  • Temperature (°C) — температура среды (влияет на динамику движения/броуновщину).
  • Viscosity (Па·с) — вязкость цитозоля (влияет на плавность и «сопротивление» движения).
  • pH, Membrane potential (мВ), ATP concentration (мМ) — биофизические параметры (могут влиять на ощущения от «живости» среды и скоростей).
• Эффект среды цитозоля — «подводная» оптика/рассеяние для реалистичного восприятия цитозоля (если включена соответствующая опция).

📊 Статистика (Stats) и производительность

• В интерфейсе отображаются показатели типа FPS, количество объектов/частиц, треугольников и т.п. (в зависимости от сборки UI).
• Если хочешь максимум FPS:
  • переключись в Инженерный режим;
  • уменьши Detail и Render scale;
  • выключи Bloom и/или Shadows;
  • скрой тяжёлые слои (например, массовые молекулы/ионы/рибосомы) и включай их точечно.

💡 Быстрый сценарий работы (как смотреть красиво и эффективно)

• 1) Выбери режим: Красивый для вау-картинки или Инженерный для диагностики.
• 2) Нажми Показать всё, затем быстро переключайся кнопками Ядро / Цитоскелет / Мембрана.
• 3) Включи 💡 Подсказки и кликай по объектам — изучай карточки.
• 4) Нажми Пробел (пауза) и рассмотри детали без движения.
• 5) Если накрутил много параметров — нажми 🔄 Перестроить, чтобы применить всё одним действием.

🔬 Система прозрачности v6.3

• Единая система — все прозрачные объекты сортируются по расстоянию от камеры автоматически. Никаких ручных приоритетов или конфликтов.
• Принцип: непрозрачный объект — пиксели за ним не выводятся. Прозрачный — пиксели за ним обрабатываются alpha-blending шейдером.
• Многослойная прозрачность: при нескольких прозрачных слоях (мембрана → ядро → лизосома → объект) каждый слой автоматически шейдерит прозрачность поверх предыдущего.
• Линзовый эффект: органеллы с оболочкой (везикулы, лизосомы, пероксисомы) работают как маленькие линзы-лупы — объекты за ними увеличиваются через рефракцию (ior/thickness).
• Мембрана внутри клетки: при нахождении камеры внутри клетки мембрана автоматически снижает рефракцию для предотвращения визуальных артефактов.

🧬 Биологическое движение v6.3

• Лизосомы и пероксисомы — движутся по микротрубочкам с помощью моторных белков (кинезин/динеин), активно патрулируют всю цитоплазму.
• Везикулы — курсируют между Гольджи, ЭПР, мембраной и всеми частями клетки.
• Броуновское движение — все мелкие органеллы подвергаются тепловым флуктуациям.
• Цитоплазматическое течение — слабое вихревое движение цитозоля влияет на траектории.